Es deutet einiges darauf hin, dass sie diesen Entschluss in einer depressiven Stunde spontan gefasst hat, denn sie weiß eigentlich nicht, wohin sie will. In Eisenach irrt sie umher, niemand will sie so recht aufnehmen. Die Bürger wissen nicht, was sie von der Sache halten sollen. Die erste Nacht verbringt sie in dem Stall eines Wirtshauses, die Franziskaner singen ihr am nächsten Tag in der Michaeliskirche den Lobgesang „Te deum laudeamus“ (Dich, Gott, loben wir), aber aufnehmen können sie eine Frau nicht, auch wenn es eine Landgräfin ist. Sie hat anfangs ihre Kinder nicht mitgenommem, die werden ihr jetzt hinterhergebracht, darunter auch der Säugling, Gertrud.

Anscheinend ist sie danach im Haus eines wohlsituierten Bürgers untergekommen. Die Eisenacher scheinen überrascht, manche auch schadenfroh gewesen zu sein, denn es geht die Geschichte um, dass eine alte Bettlerin, die ihr Gutes zu verdanken hatte, den Weg nicht freigab, als sie, die Kotsteine benutzend, eine Straße entlangging. So fiel Elisabeth in die Abwässer, die ihre Kleidung völlig verschmutzten. Die Alte soll sich schadenfroh kichernd entfernt haben, ohne zu helfen.

Elisabeth hielt sich mit ihren beiden Dienerinnen, Guda und Isentrut, zeitweilig in einer Kirche auf. Warum sie nicht in das Katharinenkloster gegangen ist, kann nur mit der Haltung ihrer Schwiegermutter, die dort wohnte, zusammenhängen. So blieb Elisabeth nichts weiter übrig, als selbst um Almosen zu bitten, die sie noch vor Kurzem so reichlich gegeben hatte. Auf die Dauer war ihre Lage unhaltbar und ohne jede Hoffnung. Die Familie rührte sich nicht und ließ sie in Eisenach. Sollte sie doch in der freiwillig gewählten Armut leben, die sie so heiß ersehnte!

Trotz der misslichen Verhältnisse empfand Elisabeth ihre Situation anders als die Umwelt. Sie fühlte sich befreit von den Zwängen des Hoflebens, sie hatte sich selbst davon befreit. Dieses Gefühl war zweifellos gegründet auf die neue Erfahrung, dass ihr nun, nach dem Tode ihres Mannes, zwar die Güter genommen werden konnten, nicht aber ihre Entscheidungsfreiheit. Sie erstrebte ein frommes Bettlerleben, dem sie sich gewachsen und verpflichtet fühlte.

Ihr Seelenführer, Konrad von Marburg, war indes nicht untätig geblieben und hatte dem Papst Mitteilung von ihrer misslichen Lage gemacht. Daraufhin erhielt er einen Brief, in dem mitgeteilt wurde, dass der Papst die Landgräfin unter seinen Schutz gestellt und mit der Durchführung aller damit verbundenen Entscheidungen wiederum Konrad beauftragt hatte. So war er nicht nur ihr Seelenführer, sondern jetzt auch ihr Defensor. Schutzbriefe des Papstes waren ernst zu nehmende Dokumente, hinter denen erforderlichenfalls auch die notwendigen Mittel, den Schutz zu verwirklichen, standen. Dieses Verfahren war nicht einmalig, es wurde als ein regulierendes Mittel bei verschiedenen Arten von Willkür gegen Witwen und Waisen eingesetzt. Da die Angehörigen von Kreuzfahrern unter dem besonderen Schutz des Papstes standen, kam dieser Grund im Falle Elisabeths noch hinzu. Wer sich gegen die Person oder die Rechte hilfloser Menschen verging, wurde mit der Exkommunizierung bedroht und von allen kirchlichen Veranstaltungen ausgeschlossen (Interdikt), was praktisch die Ausstoßung aus der menschlichen Gesellschaft bedeutete.

So lagen nicht nur Elisabeths Seele in der Hand Konrads, sondern auch ihre Person und ihr Besitz. Er selbst schreibt, der Papst habe ihm Elisabeth anvertraut. Anders gesprochen: Sie war ihm völlig ausgeliefert und scheint das auch so empfunden zu haben. Anders ist ihre Haltung nicht zu erklären, wie aus einer Zusammenkunft mit Konrad im März 1228 in Eisenach hervorgeht.